第二次综合特别检察组（权昌永特别检察官）对曾在12·3紧急戒严后担任内部举报者的洪长源前国家情报院副院长提起公诉，引发争议。由于与此前调查紧急戒严的内乱特别检察组（赵恩石特别检察官）的判断不同，未来的判决将成为评估综合特检调查成果的重要因素。

根据法律界消息，综合特检于19日以洪前副院长涉嫌内乱重要任务参与及违反国家情报院法（职权滥用）对其进行了不拘留起诉。

洪前副院长被指控在紧急戒严期间与国军防谍司令部及警察厅建立联系点，并指示向警察厅情况室派遣人员。特别是与前国家情报院院长赵太庸等人一起，向驻韩外国情报合作机构解释紧急戒严的正当性，并收集对紧急戒严的国内外反应。

洪前副院长在紧急戒严发生后，对尹锡悦前总统的弹劾审判和调查阶段作出了关键证言。他曾在宪法法院和国会等场合作证，称尹前总统曾指示“全部抓起来”，并表示赵前院长在得知此事后故意选择沉默。

对此，权昌永特别检察官在当天的调查结果发布会上表示：“对调查和审判的合作贡献应由法院来判断，调查机构不应决定。”并指出：“我们已大量获取国家情报院事件的物证，无法不提起公诉。”

然而，特检在起诉洪前副院长的同时却得出国家情报院没有组织性参与的结论，预计未来市民社会的批评将会加剧。

民主党议员尹建永于19日提出质疑，称国家情报院在2024年9月撰写了《紧急戒严情况下大规模调查权行使可能性研究》文件，并在同年12月紧急戒严宣布后，制作了多份关于国家情报院各部门应承担角色的文件。

由民主社会律师团、参与连带等组成的国家情报院监视网络在同一天发表声明，呼吁“通过对国家情报院组织性参与的彻底调查，明确相关责任”，并指出“综合特检的调查结束时间定于8月23日，未尽之处应由国家调查本部继续进行。”

此外，综合特检以前陆军首都防卫司令部第一警备团长赵相贤因在紧急戒严期间对前往国会的部队下达“不要越过西江大桥”的指示而被起诉，这与内乱特检的调查结果形成了直接对立。

综合特检认为，赵前团长是在接到前首都防卫司令李振宇的“抓下国会议员”的指示后，采取行动并支持陆军特种作战司令部的部队参与内乱。

特别检察官助理金正敏表示：“‘不要越过西江大桥’的说法被夸大，实际上是明确下达了进入国会并抓下人员的指示。”他补充道：“虽然被认为稀释了李司令的指示，但本质上是类似的行为。”并指出：“在尹前总统弹劾审判期间，虽然在不法命令部分有准确的陈述，但并不认为有不予起诉的理由。”

曾任国家人权委员会常务委员的汉阳大学法学院教授朴赞云在20日通过脸书表示：“我并不认为起诉本身就是错误”，但同时表示：“在目前已知的事实基础上，无法不表示担忧。”

他进一步指出：“对两人的行为是否有必要以内乱罪起诉存疑”，并表示：“如果没有必须惩罚他们的理由，基于目前的报道，或许第一特检的判断更为适当。”